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SSR/微卫星
什么是SSR /微卫星？
微卫星DNA( Microsatellite DNA)，又称SSR ( Simple Sequence Repeat) 即简单重复序列，短串联重复( Short Tandem Repeat STR)或简单重复序列长度多态性( Simple Sequence Length Polymorphism,SSLP)是以少数几个(一般为1~6bp)核苷酸为重复单位的首尾串联重复DNA序列，如(CA)n，(TG)n，(GGC)n等，其中n代表重复次数，重复次数从几个到几十个不等。SSR 在原核和真核生物基因组中均有分布，一般说来，微下星DNA的重复序列两侧都右物种特异性的保守序列，所以，通过设计引物对基因DNA进行PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳(或聚丙烯酰胺凝胶电泳)和放射自显影(或银染)，就可以检测到在简单重复序列重复单位数不同的DNA区域的多态性，这就是微卫星DNA分子标记。
在物种鉴定、疾病诊断、群体遗传学等领域，微卫星是一种强有力的遗传标记。例如，重复的DNA序列可以导致许多疾病，例如亨廷顿氏病，它是由位于基因调控侧翼或内含子区域的1到6个重复的核苷酸引起的，或者直接在基因的密码子中导致微卫星突变。此外，在癌症诊断中，微卫星也可能是评估肿瘤进展的有用标记。在肿瘤细胞中，它反映了一种复制机制的丢失，微卫星在细胞有丝分裂中可能高频率地出现或丢失。因此，一个肿瘤细胞系可能显示宿主细胞中的一个不同的遗传指纹。此外，通过开发高效的SSR/微卫星标记库和选择阳性克隆，可以检测某些疾病。
聚合酶链反应(Polymerase chain reaction, PCR)是富集重复序列的常用技术。下一代测序(NGS)平台也为微卫星的检测提供了一种新方法。然而，NGS平台的成本很高。为了有效降低每次实验的成本，BiOptic公司的Qsep系列生物片段分析仪将是最佳的选择。Qsep系列产品基于毛细管电泳(CE)，上样量灵活，有助于阳性筛选。
▲利用第一套引物，鉴定出3个香榧株。
对比其他峰，亮绿色和棕色的峰代表不同品种的香榧。使用Qsep100生物片段分析仪中的S1卡夹对菌株进行鉴定。
▲病毒性病原体识别
检测出病原体的种类可以快速帮助医生进行精确治疗。图中结果是使用Qsep100生物片段分析仪中的S1卡夹测定的。
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